Segundo a tradição, este prato pode ter tido origem numa receita conhecida como *mote pelado* — uma preparação à base de milho confecionada pelos povos indígenas do Peru — que evoluiu para o que hoje conhecemos como *mondongo* após a chegada dos espanhóis e a introdução do gado na região.
Existem muitas definições associadas à palavra *mondongo*. Em alguns países da América do Sul, como a Argentina ou a Colômbia, o termo é utilizado coloquialmente para se referir ao estômago de uma pessoa, particularmente quando o indivíduo é obeso. Outra teoria faz remontar a palavra a *mondejo* — e daí a *bandujo* — referindo-se a um tipo de salsicha feita com o intestino grosso de porco, ovelha ou vaca, recheada com carne picada. A mudança fonética de *mondejo* para *mondongo* parece ter ocorrido nas Américas sob a influência das línguas bantu faladas por muitos escravizados trazidos de África.
